A história da Matriz Nossa Senhora do Montserrat, se confundo com a história da formação de Baependi, um dos primeiros povoados da região sul-mineira.
Segundo notícias, o primeiro morador Tomé Rodrigues Nogueira do Ô, ergueu sua casa onde é o atual engenho, por volta de 1715. Com sua morte um tempo depois, seus bens foram divididos entre os filhos. Sua filha Dona Maria do Prado, já percebendo a formação do povoado, fez a doação do terreno para que fosse erguida uma capela, com a condição de ser em devoção a Nossa Senhora do Montserrat e que ela pudesse ver da casa dela, no engenho. A imagem que ficava na capela do engenho, foi transferida para Matriz, por volta de 1754. A construção da Matriz ficou a cargo dos devotos e do clero.
Em 1862, no paroquiato do Cônego Joaquim Gomes Carmo o altar mor foi dourado, através de uma doação da Beata Nhá Chica.
Em 1870, assume a paróquia Marcos Pereira Gomes Nogueira. Um pároco de grande talento fez obras arquitetônicas e decorativas da Matriz Nossa Senhora do Montserrat.
Monsenhor Marcos, exímio escultor, acrescentou entalhes na igreja, que seguiam os moldes europeus como neoclássico, rococó, porém ele retratou nos entalhes a riqueza da flora local, que representava a economia da cidade. Essas características confere a Matriz de Baependi, um estilo “suí generis” que a fazem única em todo Brasil.
Pela genialidade desses trabalhos de entalhes, em 1952 a Matriz Nossa Senhora do Montserrat teve um tombamento pelo IPHAN- Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional e em abril de 1998 é tombada pelo município através do Decreto nº 372/1998.